梅塔莫尔加无比痛恨人类，因而道出了“臭人类，消失吧”这样的的言辞。
D机关的人来到了指挥室向众人说起了那只怪兽的来历。
“没错，那个怪兽就是一只移植了艾勃隆细胞的实验动物。如果我们的程序没有出错的话，它是不可能活这么久的。”
“难道你们没有想过会可能产生突变吗？”居间惠问道。
科研人员笑了笑，“它还有感情，这真是太离谱了。”
“为了活下去，她自己产生的进化。”掘井已经开始生气了。
“不可能的。它怎么可能自己进化呢？”
愤怒的掘井拍桌而起，“你给我听着，你们所犯的错误是不仅侵入了生命这个未知的领域，还自以为是的要改造它，这就是后果。”
“掘井队员！”队长打断了掘井，“可是队长！”
“你听我说你去协助宇宙开发局的D机关尽快找出对付怪兽的办法，没有问题吧？”
“就算这次把怪兽打倒了，人类还会犯同样的错误啊！一次又一次。”
“然而，保护这样的人类不正是我们的工作吗？”居间惠的话掘井沉默了。
在良介的帮助下，成功消灭了梅塔莫尔加，而另一边经历过生死危急的千鹤和掘井二人有情人终成眷属，很快就步入了教堂。
TPC许多人都参加了掘井的婚礼，他的好朋友良介和沙耶香也去了。
时间悄无声息地溜走，大古遇见了一个奇怪的人，跟踪那人的途中，大古回到了1965年。
宇宙第一凶暴怪兽亚那加基被大古老丈人初代奥特曼封印在龙森湖的湖底。查理迦为了解开封印来到了1965年。在经过多方面的打听之后，亚那加基被救出，大古拿出神光棒，变成迪迦和亚那加基展开搏斗。
大古一个大意，被亚那加基抓住了手臂，吸走了能量。一直在观战的圆谷英二拼命鼓励迪迦不要放弃，这股强烈的感情竟然使初代奥特曼从奥特之星中实体化，大古的老丈人前来救场。
初代把自己的能量传给迪迦，有了岳父的肯定，大古顿时来劲了，最终在姑爷和泰山的联手之下，亚那加基不敌，最后被迪迦奥特曼的哉佩利敖光线和初代奥特曼的斯派修姆光线彻底击杀。亚那加基被消灭后，查利迦逃之夭夭。
迪迦和初代的握手，意外着时代的交替，是昭和和平成的交接。
看着握手的两个奥特曼，圆谷感叹道：“我们需要一个英雄，英雄是必要的。英雄！”
不知不觉来到了大决战前夕，丽娜识破了大古的身份。
飞机上丽娜质问大古，“为什么？为什么不告诉我？难道奥特曼就有义务承担起保护地球的义务吗？大古，如果我能，我也想变成光。变成光飞得更高。”丽娜的眼里泛起泪花。
“丽娜，这不是义务，因为我是人。我只是在做我能做
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